مکتب تفکيک یا جریان تفکيک در اصطلاح «مکتبی فکری رفتاری است که توسّط مرحوم آیت‌الله میرزا مهدی اصفهانی در اواسط قرن چهاردهم هجری قمری در مشهد مقدّس تأسيس شد و پس از آن توسّط پيروان وی در مشهد، تهران، قم و .... استمرار يافت و اساس آن مخالفت جدی با عرفان و حکمت صدرائی و بی‌اعتنائی به عقل و شهود عرفانی در کشف معارف اعتقادی و ضرورت بهره‌گيری از نقل» می‌باشد.
جریان تفکيک یا مکتب تفکیک در اصطلاح «مکتبي فکري ـ رفتاري است که توسّط مرحوم آیت‌الله میرزا مهدی اصفهانی در اواسط قرن چهاردهم هجري قمري در مشهد مقدّس تأسيس شد و پس از آن توسّط پيروان وي در مشهد، تهران، قم و .... استمرار يافت و اساس آن مخالفت جدی با عرفان و حکمت صدرائي و بي‌اعتنائي به عقل و شهود عرفاني در کشف معارف اعتقادي و ضرورت بهره‌گيري از نقل» مي‌باشد.
اين مکتب از آنجا که بر بي‌اعتباري براهین عقلی و شهود عرفاني اصرار داشته و مکاتب بشري بر يکي از اين دو اساس استوارند، تأکيد مي‌کند که بايد ميان آموزه‌هاي وحياني (کتاب و سنّت) و مکاتب بشري «تفکيک» نموده و تلاش کرد که يافته‌هاي بشري در کشف حقائق با آموزه‌هاي وحياني آميخته نگردد و از اين رو در دورة اخير، استاد محمد رضا حکيمي اين جريان را با نام «مکتب تفکيک» معرّفي نموده و اين اسم بر زبان‌ها افتاد؛ گرچه برخي از پيروان اين جريان، این نام را مناسب ندانسته و معتقدند باید از عناويني چون «مکتب وحي» يا «مکتب معارفي خراسان» بهره گرفت.
مکتب تفکیک گرچه با اسم مکتب مشهور شده، ولی در حقیقت یک جریان اجتماعی است، زیرا یک مکتب فکری باید اصول یا نتائج یا روش شناسی خاصی داشته باشد تا حافظ وحدت آن مکتب باشد، ولی در حدود یک قرنی که از تولد مکتب تفکیک گذشته است، نه روش‌شناسی و نه اصول و نتائج مدعیان این مکتب یکسانی نداشته است.
اين جريان تا کنون مراحل گوناگوني را از جهت علمي و عملي پشت سر گذاشته و رويکردهاي مختلفي داشته که نمي‌توان ميان آنها نقطۀ مشترکي يافت مگر: «بي‌اعتنائی به عقل و افراط در استفاده از نقل و مبارزه با فلسفه و عرفان».
و البته به هر مخالفتی با فلسفه و عرفان هم جریان تفکیک گفته نمی‌شود، بلکه مهم آنست که از نظر تاریخی پیوندی وثیق با موسس این جریان اجتماعی مرحوم آیة‌الله میرزا مهدی اصفهانی داشته و شباهتی فکری بدیشان برساند.
مکتب تفکیک به تصريح پيروانش پيشينه‌اي بيش از يك قرن ندارد و تأسيس آن را به مرحوم آیة‌الله میرزا مهدی اصفهانی نسبت مي‌دهند. كسي كه با قدم نهادن در وادي سیر و سلوک و گذراندن مراحلي از آن، به يك باره متحول شده و از هر آنچه حكمت و عرفان خوانند، بيزاري مي‌جويد و در طول بيست و پنچ سال حضور در مشهد با روش‌شناسي خاص خود، يك رشته عقايد خاص‌تر را بيان مي‌سازد كه بعدها توسط شاگردان نسل دوم به مكتب تفكيك مشهور مي‌گردد.
برخي از تفكيكيان در تأسيس اين مكتب از كساني چون سيد موسي زرآبادي نيز ياد كرده‌اند اما اين سخن به هيچ روي پذيرفتني نيست زيرا گرچه آن مرحوم با فلسفة اسلامي به ويژه در قرائت صدرايي آن، مخالف بوده‌است ولي هيچ سندي در دست نيست كه شباهت فكري وي را با ميرزا مهدي اصفهاني به اثبات برساند يا تأثير مهمّي را بر جريانات فكري شيعي گزارش نمايد.
آري برخي از شاگردان ميرزا، قبل از ديدار با وي، تحت تأثير مرحوم زرآبادي، با حكمت و عرفان مخالف بوده‌اند اما بديهي است كه از مخالفت با فلسفة صدرايي تا پذيرش يك رشته اصول و مباني خاص كه به تأسيس يك مكتب و جريان منجر مي‌شود راه بسيار است!
امروزه مکتب تفکیک آمیخته‌ای از خطا و اشتباه در چهار زمینه است: