عامّه مردم از زمان حيات بحرالعلوم تا اين زمان همگى بر آن معتقدند كه آن مرحوم از بهره‌مند شدگان اسرار خاصّه الهيه بوده و از صاحبان كرامات و عنايات و مكاشفات است. و از آنچه به هيچ وجه شكّى در آن نمى‌توان نمود آنست كه آن مرحوم در تهذيب نفس دارای گرایشی از گرایشهای عرفاء و صوفیه بوده است و اين معنى از زهد و گرايش او به عبادت و سياحت ظاهر است
در «أعيان الشّيعة» جزء ۴۸ ص ۱۶۶ گويد:
«و يعتقد السّواد الاعظم الى الآن أنّه من ذوى الاسرار الالهيّة الخاصّة و من أولى الكرامات و العنايات و المكاشفات. و ممّا لا ريب فيه أنّه كان ذا نزعة من نزعات العرفاء و الصوفيّة، يظهر ذلك من زهده و ميله إلى العبادة و السيّاحة».
«عامّه مردم از زمان حيات بحرالعلوم تا اين زمان همگى بر آن معتقدند كه آن مرحوم از بهره‌مند شدگان اسرار خاصّه الهيه بوده و از صاحبان كرامات و عنايات و مكاشفات است. و از آنچه به هيچ وجه شكّى در آن نمى‌توان نمود آنست كه آن مرحوم در تهذيب نفس دارای گرایشی از گرایشهای عرفاء و صوفیه بوده است و اين معنى از زهد و گرايش او به عبادت و سياحت ظاهر است».
جناب محمد معصوم‌علی شیرازی در جلد سوم طرائق الحقائق صفحۀ ۱۹۹ نقل می‌نماید:
قدوة المرشدين و العارف باللّه رب العالمين و خليفة الخلفاء المتأخرين مولانا محمد على بن ميرزا عبد الحسين بن محمد على رقى الطبسى الاصفهانى الملقب نور على شاه طاب ثراه ... به هر طرف كه مى‌رفت مردم بى‌اختيار به دورش و بر اثرش مى‌گرديدند و مى‌رفتند بسيار از اوقات به نحو قصيده‌سرائى قدم مى‌زد و مى‌خواند، از ازدحام مردم راه عبور مسدود مى‌شد وقتى در حال استغراق اين غزل خود كه مطلعش اينست:
باز آمدم موسى صفت ظاهر يد بيضا كنم
فرعون و قومش سربه‌سر مستغرق دريا كنم
مخالف و مؤالف محو او بودند. مدت پنج سال در عراق عرب مجاور و در حلقه ارادتش بسيارى درآمدند و چون در حال غلبه و جد بعضى از غزليات مى‌فرمود و گوشزد مخالفان گرديد قيل و قال و دمدمه و همهمه در ميان متشبهين به علم از عرب و عجم افتاد. مانند اين غزل كه دو فردش اينست:
من در تاج خسروان آن لؤلؤ لالاستم
در قعر بحر بيكران آن گوهر يكتاستم
گه نار و گه نور آمدم گه مست و مخمور آمدم
بردار منصور آمدم هم لا و هم الا ستم
و مانند اين غزل:
ما ابر گهرباريم هى هى جبلى قم قم
ما قلزم زخاريم هى هى جبلى قم قم
گر نور خدا جوئى بيهوده چه مى‌پوئى
ما مشرق انواريم هى هى جبلى قم قم
و اين ترجيع:
در كعبه و سومنات مائيم
عالم صفتند و ذات مائيم
مخصوص بعضى ساكنين آن ديار كه مقدس بودند متوحش گرديدند و از در انكار و تفسيق بل تكفير كه برهان بيخردانست در آمدند، على الجمله جمعى از علما و محققين كه ارباب يقين بودند در نهانى دست ارادت به وى دادند و بعد از اين ذكر ايشان بيايد و بسيارى آشكارا محضرى در طعن وردش نوشته و خدمت جناب حجة الاسلام آقا سيد مهدى طباطبائى ملقب بحر العلوم طاب ثراه كه شرح فضايلش در كتب رجال مسطور و اقوالش در فقه مستشهد و مذكور و مراثى آن حضرت مشهور است فرستادند كه آن بزرگوار را در اين كار و انكار شريك خود نمايند.
سيد بحر العلوم در جواب فرمود كه اگر مرا در مسائل دينيه مقلد دانسته‌ايد از من چه امضاى حكم خود مى‌طلبيد؟ و اگر مرا مجتهد مى‌دانيد تا بر من چيزى معلوم نشود حكمى نتوانم نمود، من در نجفم و شما در كربلا و اين شخصى كه نام مى‌بريد نديده‌ام و نمى‌شناسم و معرفتى به كفر و ايمانش ندارم عما قريب به عزم زيارت مخصوصه به كربلا خواهم آمد و تحقيق امر او خواهم كرد.
چون اين جواب صواب به كربلا رسيد منكرين ساكت و منتظر بودند تا هنگام زيارت مخصوصه رسيد و حسب الوعده جناب سيد وارد شدند و در ايام توقف به فكر تحقيق امر افتادند آخرالامر جناب بحر العلوم به عالمى امين كه به هر دو طرف راه داشت و ظاهرا مرحوم ملا عبد الصمد همدانى باشد فرمود كه مى‌خواهم اين مرد را كه جمعى تكفير مى‌كنند و مستعد هلاكت او هستند در يك مجلس ببينم و از او عقايد او را جويا شوم و خواهش دارم كه او را دعوت نمائى در خانه خود شبى به طريق اختفا و من نيز در ظلمت ليل به تنهائى به آنجا آمده او را ملاقات نمايم.
آن مرد عالم امين حقيقت حال را به راستى خدمت نور على شاه عرض كرد. فرمودند مضايقه ندارم و شبى را معين كردند و جناب سيد بحر العلوم رعايت احتياط فرموده دستور العملى به شخص مضيف دادند كه جلوس قريب به يكديگر نباشد، قليان جداگانه و غذا در مجموعه و ظرف على‌حده و اگر قليان سيد را بكشد بيرون برده تطهير نمايند.
الحاصل بعد از ملاقات جناب سيد خطاب فرمودند كه آقا درويش اين چه همهمه است كه در ميان مسلمانان انداخته‌اى؟ در جواب گفت كه من آقا درويش نيستم نام من نور على شاه است.
سيد فرمود شاهى شما از كجا رسيده؟ جواب گفت از جهت سلطنت و غلبه و قدرت بر نفس خود و ساير نفوس. سيد فرمود بر ساير نفوس از كجا؟ مضيف مى‌گويد تصرفى به ظهور رسيد و تغييرى پيدا و تجيرى حاصل گرديد كه از وصف آن قاصر است و جناب سيد به من فرمودند قدرى در بيرون باشيد كه مرا سخنى است. بيرون خانه رفته بنشستم تا وقتى كه مرا خواندند و قليان ديگر كه آوردم سيد بزرگوار بدست خود به ايشان دادند و در يك ظرف غذا خوردند و آن شب چنين گذشت و جناب سيد شبى ديگر خواهش ملاقات كرد. به نور على شاه گفتم، فرمود ما را كارى نيست و اگر ايشان را كارى است نزديك بيايند.
لهذا بعضى شبها كه كوچه خلوت مى‌شد جناب سيد و من عبا بر سر كشيده به منزل شاه مى‌رفتيم، ولى چون اهالى كربلا به توقف نور على شاه راضى نبودند به سعى جناب سيد بحر العلوم و آقا مير سيد على صاحب رياض، نور على شاه به قصد زيارت مكه معظمه از سليمانيه به جانب موصل مسافرت و مهاجرت جسته بدان ملك وارد شدند.
این ماجرا را مرحوم علامه طهرانی در جنگ خطی خودشان جنگ پانزدهم، ص ۷۵ تا ۷۷ از طرائق نقل نموده و سپس از مرحوم آیت الله حاج شیخ عباس قوچانی چنین نقل کرده‌اند:
تصرفی که حاصل شد در ظاهر این بود که سید که دور نشسته بود چنان مجذوب نورعلیشاه شد که آنقدر به جلو آمد که در مقابل هم قرار گرفته و نزدیک بود که زانوهای آنها به هم بخورد.
این مطلب در نزد صوفیه از مشهورات محسوب می‌شود.
برخی نیز نسبت ارادت مرحوم سید را به مرحوم سید معصومعلیشاه داده‌اند؛ جناب صدوقی سها نیز دز تاریخ انشعابات متاخره سلسله نعمةاللهیه از کیوان قزوینی از آقا تقی صمدعلیشاه خوئی نقل می‌کند:
[سید معصومعلیشاه] با گردشهای مفصل در همه شهرهای ایران که به سبب فوت کریمخان و جنگ مدعیان سلطنت خالی از متنفذان شده بودند بعد به کربلا رفت و در آنجا ملاعبدالصمد همدانی آشکار و بحرالعلوم مخفی و جمعی دیگر از طلاب و عوام ربودۀ او شده سر به او سپردند و آشوب مذهبی در گرفت لذا آنجا نتوانست بماند آمد به کرمانشاه و به دست آقا محمد علی که رئیس فقها بود پس از مدتی حبس کشته شد و نورعلیشاه را که آن وقت در اصفهان و سائر بلدان سیار بود نائب خود نمود (دو رساله در تاریخ جدید تصوف ایران، ص۵۸)
محقق ارجمند جناب صدوقی سها در موضعی دیگر می نویسد:
به کتب صوفیه ذکری هست از ملاقات نورعلیشاه طاب ثراه با مولانا بحرالعلوم قدس سره القدوسی با تبعاتی که علی العجالة به نزد بنده بسیار محل تأمل است (همان، ص۱۱۰)
این داستان از جهاتی نیاز به تحقیق و تأمل بیشتر دارد؛ از جمله:
۱. علی القاعده این ماجرا باید مربوط به سالهای حدود ۱۲۰۶ تا ۱۲۱۲ باشد (سید و نورعلیشاه هر دو در ۱۲۱۲ رحلت فرموده‌اند) که نورعلیشاه ابتدا خدمت مرحوم سید معصومعلیشاه و سپس به تنهائی در کربلا حضور داشته و از حضور ایشان در کربلا قائله‌ای به پا بوده؛ چنانکه در طرائق گوید:
و به هر طرف كه مى‌رفت مردم بى‌اختيار به دورش و بر اثرش مى‌گرديدند و مى‌رفتند بسيار از اوقات به نحو قصيده‌سرائى قدم مى‌زد و مى‌خواند، از ازدحام مردم راه عبور مسدود مى‌شد وقتى در حال استغراق اين غزل خود كه مطلعش اينست:
باز آمدم موسى صفت ظاهر يد بيضا كنم
فرعون و قومش سربه‌سر مستغرق دريا كنم
مخالف و مؤالف محو او بودند. مدت پنج سال در عراق عرب مجاور و در حلقه ارادتش بسيارى درآمدند و چون در حال غلبه و جد بعضى از غزليات مى‌فرمود و گوشزد مخالفان گرديد قيل و قال و دمدمه و همهمه در ميان متشبهين به علم از عرب و عجم افتاد. (طرائق الحقائق، ج۳، ص۱۹۹)
از سوئی در این دوران مرحوم سید بحرالعلوم در اوج کمالات عرفانی و مشاهدات غیبی بوده و لذا داستان مزبور کمی غریب می‌نماید؛ گرچه غیرممکن نیست و لذا باز هم قابل انکار و رد نیست.
۲. در این دوران عمدةً‌نور علیشاه همراه با سیدمعصومعلیشاه در کربلا بوده و باید ملاقات میان سید بحرالعلوم با سید معصومعلیشاه برگزار میشد؛ مگر آنکه حکایت مربوط به اواخر و دوران سفر سید معصومعلیشاه به سوی کرمانشاه باشد که این هم محتمل است و عبارات طرائق هم نشان می‌دهد که نور علیشاه مدتی در عتبات مستقلا به ارشاد مشغول بوده و از حضورش در کربلا قائله‌ای به پا بود.
به هر حال این مسأله نیاز به تحقیق بیشتر دارد. و الله العالم.
مرحوم علامه طهرانی در جنگ خطی خودشان می‌فرمایند:
روز یازدهم ذوالحجة الحرام ۱۴۱۱جناب حجة‌الاسلام آقای حاج سید مهدی رجائی، آقازاده گرامی حضرت آیةالله حاج سید محمد رجائی اصفهانی دام‌علاهما که به بنده منزل در مشهد تشریف آوردند، در ضمن مذاکرات فرمودند: من از آقا شیخ کاظم کتبی (که از کتاب‌فروش‌های نجف اشرف بود) شنیدم که می‌گفت:
روزی در منزل مرحوم آیةالله حاج سیدمحمدصادق بحرالعلوم ( اخوی مرحوم آیةالله حاج سیدمحمدتقی) در مکتبۀ ایشان بودم واز مرحوم بحرالعلوم (جدّ اعلای ایشان: سید مهدی بن سید مرتضی) سخن به میان آمد؛ ایشان برخاست و از قفسۀ کتابها تصویری را آورد و گفت: این عکس مرحوم جدّ ماست. شمایلی بود که با قلم تصویر کرده بودند و عمامۀ ایشان سبز رنگ و به شکل عمامۀ درویشان بود. زی و لباس و شمایل او بعینه مانند درویشان بود و کشکولی هم داشت.
شیخ کاظم می‌گفت من متأسفم که چرا از ایشان آن را نگرفته و نمونه‌ای از آن برنداشتم.
یکی از آثار مرحوم سید بحرالعلوم کتاب فوائد الرجالیه ایشان است. این کتاب به همت دو تن از نوادگان ایشان یعنی حسین و محمد صادق بحرالعلوم در سال ۱۳۶۳ در چهار جلد در تهران به چاپ رسیده است .
جلد اول این کتاب مشتمل بر مقدمه‌ای نسبتاً طولانی دربارۀ زندگی نامه، اساتید و شاگردان آن بزرگوار به قلم مصححان است که از منابع قابل اعتماد در زندگی آن بزرگوار محسوب می‌شود
در صفحۀ ۳۴ این مقدمه با عنوان «الی ایران» می‌خوانیم:
و فی شهر ذی القعده من سنه ۱۱۸۶ دعی من قبل بعض علماء ایران و زعمائها الی زیاره الإمام الرضا علیه السلام، فخرج من النجف- مودعا من عامه طبقاتها- فی طریقه الی ایران، و توقف مده قلیله فی «کرمانشاه» أفاد فی خلالها علماؤها و فضلاؤها من ینبوع علمه و انتهلوا من طامی بحره و حتی اذا وصل الی «خراسان» خرج أهلها لاستقباله- علی بکره أبیهم- فکان لیوم مقدمه المبارک تاریخ مشهود، و بقی هناک موضع الحفاوه و الترحیب من عامه طبقاتها العلمیه و الاجتماعیه و السیاسیه زهاء سبع سنین اختص فی خلالها بالفیلسوف الاسلامی الأکبر السید میرزا مهدی الاصفهانی الخراسانی- رحمه اللّه- فأکمل علیه علوم الفلسفه و الکلام بأوسع آفاقهما حتی طار به الأستاذ عجبا فلقبه ب «بحر العلوم» کما ستعرف، فرجع الی النجف الاشرف اواخر شعبان سنه ۱۱۹۳ ه بعد أن ترک فی کل بلاد مر بها ذکریات طافحه بالعلم و التقوی لا یزال تاریخ ایران یحتفظ و یعتز بها، و اندفع أهالی النجف الاشرف لاستقباله- کما و دعوه- بشکل یتناسب و مدی شوقهم و لهفهم
شایان ذکر است که مراد از «الفیلسوف الاسلامی الأکبر السید میرزا مهدی الاصفهانی الخراسانی- رحمه اللّه- » همان آقا سید مهدی شهید (از نوادگان مرحوم شاه نعمةالله ولی و از مهادی ابعه) است که از مدرسین بنام حکمت متعالیه در مشهد در آن دوران بوده و مرحوم سید هفت سال در نزد وی حکمت متعالیه می‌خوانده و به دست ایشان به بحرالعلوم ملقب شده‌است.
استاد محمد خواجوی در مقدمۀ منظومه «مصباح الولايه و بحر المناقب» اثر قطب الدین محمد نیریزی در بیان شاگران مؤلف می‌نویسد:
جمع من تلاميذ قطب الدین النیریزی المستكملين به كل من تلامذته و مريديه كانوا كاملين فى عصرهم، و قد ثبت اسمائهم فى طومار السلسلة العلية الذهبية، منهم: الشيخ الواصل و الكامل المكمل: الآقا محمد هاشم الشيرازى قدس الله سره، و هو مستغنى عن الاطراء و التعريف، و منهم: السيد مهدى الطباطبائى الملقب ب «بحر العلوم» و من تلامذته الكاملين: السيد محمد باقر، الملقب ب «عبد الصالح الشيرازى»، و منهم: مدرس الحكمة و العلوم- مولى محراب الجيلانى- و من تلامذته: مولا على السمنانى و السيد قريش القزوينى و مولى ولى الله- المعروف بصهرة- و منهم: الامير سيد على- سبطه الرشيد- و منهم: الآقا محمد بيدآبادى، و هو ايضا من المدرسين الحكمة الالهية، و من تلامذته: مولى على النورى الحكيم- محشّى اكثر كتب صدر المتألهين- و من تلامذته: الحكيم المتأله، الحاج ملا هادى السبزوارى، و منهم: الشيخ جعفر
همچنین ابوالقاسم امين الشريعه خويى در «ميزان الصواب در شرح فصل الخطاب» ص ۶ در شرح زندگانی قطب الدین محمد نیریزی می‌نویسد:
بعضى از اكابر علما هم از خدمتش استدعاى اقتباس طريق طريقت و حاق حقيقت نموده و اجازه ذكر از آن حضرت دريافتند كه از آن جمله بوده است، شيخ المشايخ شيخ محمد احسايى و خاتم المجتهدين شيخ جعفر نجفى و نادره دوران سيد بحر العلوم و مولا محراب گيلانى قدس اللّه ارواحهم، بنا بر آنچه در بعضى از نوشته معتمدين بنظر او رسيده و گويند: فرزند ارجمندش ميرزا سيد على (ره) با علماى يهود مباحثه و مناظره كرده و جمعى از يهود را به دين اسلام مشرف كرد.
محمد معصوم‌علی شیرازی در جلد سوم طرائق الحقائق صفحۀ ۲۱۷ می‌فرماید:
مرحوم حاجى ميرزا ابوالقاسم شيرازى شريفى معروف بميرزا بابا كه خود را در زمره مشايخ ذهبيه شمرده در آخر كتاب مسمى به شرايط الطريقة فرمايد كه سيد قطب الدين بعد از پى سپر كردن اغلب بلاد ايران و توقف در هرجا خاصه نجف اشرف جمعى كثير از آن حضرت فيض و بهره‌ور آمده در آن ارض اقدس فتوحات مكيه درس مى‌فرموده و بعد از تحقيقات بسيار عبارت كتاب را با تحقيقات مطابق مى‌فرموده و جناب رضوان جايگاه آقا سيد مهدى طباطبائى بحر العلوم و مولى محراب گيلانى و آقا شيخ جعفر مجتهد نجفى از فيض تدريس و تذكير و طريقت آن جناب فيض‌ياب شده بكمال انسانيت فايض گرديدند و خواندگار روم وظيفه و تيول در بصره و بغداد بجهت ايشان قرار داده.
و همچنین در در همان جلد صفحۀ ۳۳۹ ذیل عنوان «تنبيه» بیان می‌کند که:
جناب سيادت مآب معارف آداب مجد الاشرف ميرزا جلال الدين ذهبى دام مجده ديباچه‌يى بنام تام الحكمة بر كتاب شرائط الطريقة و قوام الانوار مرحوم والد شريفش ميرزا ابو القاسم معروف بميرزا باباى ذهبى شريفى مرقوم داشته و از اوايل آن چند كلمه‌اى بعبارته آورده مى‌شود از روى نسخه‌يى كه در تبريز سال هزار و سيصد و يك باسمه‌يى شده است:
دوره منتهى بجناب سيدى سيد قطب الدين محمد اقدس سره العزيز گرديد و جمعى كثير در خدمت ذى موهبت اكسير خاصيت تربيت شده عموما و از خواص حاضرين حوزه مباركه چند نفرى از رجال به نهايت رتبه علم و عمل و حال فايض آمده به‌نحوى‌كه صاحب يرليغ [: اجازه و حکم] ولايت و اجازه معنويه گرديده هر يك نفر را به سمتى مأمور فرموده وصيت نموده به آنها كه حكمت مبتدعه فلاسفه يونانيه از ازمنه سابقه در ميان خلق بى‌خبر از حقيقت باقى مانده و با قواعد اين دين مبين تطبيق ندارد. جناب شامخ الالقاب آخوند ملا محراب گيلانى را قدس سره العزيز باصفهان و عراق عجم مأمور فرموده و جنابان مستطابان مولانا آقا سيد مهدى بحر العلوم و مولانا شيخ جعفر نجفى فقيه قدس سرهما در سمت عتبات عاليات على مشرفها السلام و التحيات و عراق عرب مقرر فرموده و جناب شامخ الفضائل و الاوصاف شيخ الشيوخ شيخ احمد احسائى قدس سره العزيز را باطراف ايران مأمور كه در حركت باشند و جناب مستطاب كروبى انتساب آقاى آقا محمد هاشما قدس سره العزيز داماد خود و جد فقير را بسمت فارس امر فرموده و بطور انصاف هر يك از اين بزرگواران كمال بذل جهد و اجتهاد خود را فرموده بحول اللّه تعالى و عناياته حكمت معصوميه الهيه را در ايران بل توران رواج دادند، انتهى.
از دیگر شواهد بر مذاق عرفانی مرحوم سیّد بحرالعلوم رساله معروف به سیر و سلوک است که کاملاً بر مذاق اهل عرفان نوشته شده و جمعی از بزرگان به صحّت انتساب آن به مرحوم سیّد شهادت داده‌اند.
با تامل در محتوای این رساله در اعتقاد عمیق مرحوم سیّد به مبانی توحیدی و سلوکی اهل عرفان شکی باقی نمی‌ماند.
برای اطلاع بیشتر از صحّت نسبت این رساله به مرحوم سید به صحت انتساب رساله سیر و سلوک به سید بحرالعلوم مراجعه کنید.
از مرحوم سد حکایات زیادی منقول است که مانند حکایات منقول از صوفیه و عرفاست و در آن از قول مرحوم سید آمده که ادعا می‌فرموده که از وجب به وجب زمین آگاه بوده و اشخاص را با تمام اجدادشان و تمام اولادشان تا روز قیامت می‌شناسد و ...
برای تفصیل این حکایات به مقاله سید بحرالعلوم مراجعه شود.
اگر کسی در مجموع امور گذشته تامل نموده و آنها را در کنار هم لحاظ کند و ببیند که مرحوم سید مسلماً هفت سال در نزد آقاسید مهدی شهید (نواده مرحوم شاه نعمةالله ولی رضوان الله علیهما) حکمت متعالیه خوانده و حکایات و نقلهای متعددی از ارتباط ایشان با مرحوم سد قطب الدین محمّأ ذهبی و نورعلیشاه نعمةاللهی موجود است و شواهد زیادی بر تالیف رساله عرفانی ناب به دست ایشان وجود دارد و تصویر باقی مانده از ایشان نیز، ایشان را با زی اهل تصوف در آن دوره نشان می‌دهد، آن وقت معنای سخن مرحوم آیةالله سید محسن عاملی را به خوبی تصدیق می‌کند که فرمود مسلّماً سیّد دارای گرایشی از گرایشهای عرفانی و صوفی بوده است:
ممّا لا ريب فيه أنّه كان ذا نزعة من نزعات العرفاء و الصوفيّة، يظهر ذلك من زهده و ميله إلى العبادة و السيّاحة