عقیده وحدت وجود از عصر خواجه نصیرالدین طوسی به صورتی عقیده کاملاً رسمی در جهان شیعه تبدیل شد و از عصر صفویه به علت دفاع علمای بزرک شیعه (چون دشتکی و شیخ بهائی و ملامحمدتقی مجلسی و فیض کاشانی و ... که بعضا صاحب منصب شیخ الاسلامی در حکومت صفویه بودند)، این عقیده در بستر اجتماعی و فضای عمومی رواج یافت به طوریکه در آن عصر یکی از شاخصه‌های شیعه در برابر سنیان افراطی عثمانی «اعتقاد به وحدت شخصیه وجود» مطرح می‌شد و در نقدهای سنیان عثمانی بر شیعه بر وحدت وجودی بودن شیعیان تاکید شده است. متن ذیل سند ارزشمندی است در این باب ...
اعتقاد به توحید قرآنی و وحدت شخصیه وجود از صدر اسلام در میان خواص وجود داشته است و در روایات معارفی فراوانی بدان اشاره شده است که در همین پایگاه در مقالات مختلفی بدان پرداخته شده است.(مقالات وحدت وجود)
با این وجود از عصر خواجه نصیرالدین طوسی به صورت ی عقیده کاملاً رسمی در جهان شیعه تبدیل شد (رک مقالات خواجه نصیر طوسی و عرفان) و از عصر صفویه به علت دفاع علمای بزرک شیعه (چون دشتکی و شیخ بهائی و ملامحمدتقی مجلسی و فیض کاشانی و ... که بعضا صاحب منصب شیخ الاسلامی در حکومت صفویه بودند) از این عقیده، این عقیده در بستر اجتماعی و فضای عمومی رواج یافت به طوریکه در آن عصر یکی از شاخصه‌های شیعه در برابر سنیان افراطی عثمانی «اعتقاد به وحدت شخصیه وجود» مطرح می‌شد و در نقدهای سنیان عثمانی بر شیعه بر وحدت وجودی بودن شیعیان تاکید شده است. متن ذیل سند ارزشمندی است در این باب که در کتاب طبقات اعلام الشیعه مرحوم شیخ آقابزرگ طهرانی قدس‌سره در ذیل نام میرداماد (الروضة النضرة فی علماء المائة الحادیة العشرة. ص۶۷-۷۰) و به بهانه تشریح دفاع میرداماد از قدم زمانی عالم و حدوث دهری ذکر شده است.
نگارنده تحلیل‌های تاریخی متن ذیل را تأیید نمی‌کند و برخی از آن را خلاف واقع می‌پندارد (خصوصاً که متن نوشته حاکی از آنست که از خود مرحوم شیخ آقابزرگ نیست و احتمالاً قلم فرزند ایشان می‌باشد)، در عین حال گزارش‌های تاریخی آن از فضای شیعی و سنی و عقائد رائج شیعه در آن دوران برای بررسی تاریخ کلام و عقائد شیعی قابل ملاحظه و تأمل است؛ خصوصاً برای جماعتی از ناآشایان که گمان می‌کنند اعتقاد به توحید قرآنی و وحدت وجود چیزی است که در دهه‌های اخیر و پس از انقلاب اسلامی و یا در صده اخیر در شیعه رواج یافته است.
«يرى فى القرنين العاشر و الحادى عشر، نوع سباق غير معلن أشير اليها فى (ذ ٢۴:٢٩٢ و ذ ٢۵:٢٧-٢٨) بين الخلافة التركية العثمانية السنّية فى اسطنبول و بين الدولة الشيعية فى ايران، فى التظاهر بالديانة، مثل الذى جرى بين السفير الايرانى قاضى خان سيفى القزوينى الآتى (ص ۴۵۵) و بين أحمد الثالث العثمانى و المفتى الاعظم و القضاة باسطنبول سنة ١٠٢٠، و مثل المشاجرات التى جرت بين نوح افندى م ١٠٧٠ و بين على نقى الكمره‌اى (ذ ۵ قم ٢٣٨).
و بما أنّهم كانوا يرون العرفان القزلباشى و أدبه رائدا للدّعاية الشيعيّة أسّسوا الفرقة «البكتاشية» و حرموا قراءة بعض الكتب الفارسية و أفتى أبو السعود مفتى استانبول م ٩٨٢ بالاحتراز عن «ديوان الحافظ الشيرازى» و أورد الچلبى هذا الفتوى فى كشف الظنون فى ذلك الديوان و كان كلّ من استانبول و اصفهان يتّهم الآخر بتهم فلسفيّة دينيّة. فالشيعة الايرانيون يتّهمون العثمانيين بانحرافهم عن الاسلام الحقيقي المتجلّى فى الأئمة المعصومين من أهل بيت النبوة (علیهم السلام) .
و العثمانيون و أنصارهم من أهل السنة، كانوا يتّهمون الشيعة بتهم منها أنهم:
١-أنّهم رافضون للخلافة و منشقّون عن الوحدة الاسلاميّة.
٢-أنّهم تاركون للصلاة (أى صلاة الجمعة) .
٣-أنّهم قائلون بوحدة الوجود فى الخالق و المخلوق.
۴-أنّهم قائلون بقدم العالم.
۵-أنّهم منكرون للمعاد الجسمانى.
فالأوّل لرفضهم إلحاق ايران بالخلافة التركية، و هذا هو الذى أكّد عليه ميرزا مخدوم الشّريفى (-العاشرة ص ٢۴۵) الذى صار صدرا لحكومة الشاه إسماعيل الثانى بقزوين و بعد عزله و هربه الى الروم كتب «نواقض الروافض» (ذ ٢۴:٢٩١) .
و يقصدون بالثانى اشتراط حضور الامام المعصوم او نائبه الخاص فى وجوب صلاة الجمعة على فتوى الشيخ الطوسى و أكثرية من تبعه من العلماء.
و يقصدون بالثالث الفلسفة النوريّة السهرورديّة الذى دافع عنها غياث الدين منصور الدشتكى م ٩۴٨ و هو الصدر الأعظم فى عصر الشاه طهماسب فى كتابه «إشراق هياكل النور عن ظلمات شواكل الغرور» (ذ ٢:١٠٣ و ١۴:١٧۶ و ٢۴٠) و أجاب عن اعتراضات الدّوانى (م ٩٠٨) على السهروردى فى «شواكل الحور» فى تصويره العالم هرما نوريّا واحدا على رأسه نور الأنوار و اتّهامه بثنويّة النور و الظلمة. ثم جاء بعدهم المولى صدرا (ص ٢٩١) و بدّل كلمة «النور» بكلمة «الوجود» ابتعادا عن ثنويّة النور بالظلمة و تأييدا «لدليل التركيب» السيناوية لتوحيد واجب الوجود. و بعد صدرا تبعه تلاميذه كالحسين التنكابنى و كتبوا رسالات خاصّة فى «وحدة الوجود» (ذ ٢۵:۵۵-۵٧).
و يشيرون بالاعتراض الرابع إلى قول الفلاسفة من الشيعة بعدم انقطاع الفيض الالهى أبدا و أزلا، و العالم فيض البارى فقام الداماد (المترجم له) بالجواب عنهم فى «القبسات» المطبوع ثانيا فى ۴۶٩۵ ص قائلا ما خلاصته: أنّنا أيضا نقول بحدوث العالم، لكنّنا نقول بحدوثه دهرا و ليس حدوثه زمانا كما تقول به أهل السنة فلمّا اعترض المتزمتون على المير الداماد بأن ذلك ينافى ما فى الكتب السماويّة، جاء المولى صدرا بنظرية «الحركة الجوهرية» فاعترف بالحدوث الزمانى كما أرادوه و لكنّه بصورة مستمرة فكل يوم هو فى شأن و العالم فى حركة دائمة تعدم و توجد فى كلّ أن و هذا هو حدوث العالم فى الزمان، و لكنّه مع ذلك لا يقول بمبتدإ زمانى لهذه الحركة لأنّه لا يعترف بانقطاع الفيض من اللّه عزّ و جلّ كما يأتى فى (ص ٢٩١) و راجع (ذ ٢۴:٣۵۴ و ٢۵:۵۵).
و يقصدون بالاعتراض الخامس ما بيّنه ابن سينا فى «الأضحوية» و الخواجه نصير الطوسى (م ۶٧٢) فى «آغاز و انجام» من أنّ اللّذة و الألم الروحانيتان فى المعاد أقوى و أردع من الجسمانى. و هذه الاعتراضات كلّها مأخوذة عمّا لفّقه أبو حامد الغزالى (۴۵٠-۵٠۵) لدعم الحكومة العبّاسية و الدفاع عنها أمام الاسماعيليين فى مصر و جبال ايران من القانيات الى الموت بقزوين. فأجاب صدرا و تلاميذه عن هذا أيضا بتبديل كلمة «الروحانى» بكلمة «الجسمانى المثالى».
و كان ضغط العثمانين هذا على الفلاسفة ينتقل بواسطة رجال السياسة الى رجال الدين المتحفظين فى داخل ايران. ثم يضغط هؤلاء بدورهم على الفلاسفة و ذوى الأفكار الحرّة أمثال المير الداماد و صدرا و الفندرسكي و تلامذة مدارس هؤلاء بطرق مختلفة أهمّها كانت ثلاثة تيارات أشار إليها المجلسى م ١١١١ فى رسالته «المسائل الثلاث» (-ذ ۵ قم ٨٣٩) و هى: ١-الحكماء (اى المشائين ضد الاشراقين) . ٢-الأخباريين ضد الأصوليين. ٣-الفقه ضد التصوف.»