شیخ الرئیس با اقامۀ برهان اثبات نموده بود که فصول حقیقی اشیاء نمی‌تواند جوهر یا عرض باشد و آنچه در منطق به عنوان فصل نامیده می‌شود حاکی و نشانۀ فصل حقیقی است نه خود آن.
در مرحلۀ بعد صدرالمتألهین اثبات نمود که فصول حقیقی اشیاء وجودات خاص اشیاء است لذا معرفت تام حقائق اشیاء تنها با شهود حاصل می‌شود نه با فکر.
البته محدودیت عقل نظری نه به معنای غیر قابل اعتماد بودن آنست و نه به معنای صواب نبودن نتایج آن.
نویسنده: آیت‌الله حسن زادۀ آملی
منبع: هزار و یک کلمه، ج۱، کلمۀ ۳۳
فصول حقيقى اشياء أنحاء وجودات خاصّه آنهايند، و فصول منطقى علامات و امارات و حكايات از آنهايند؛ لذا فصول حقيقى اشياء نه از مقوله جوهرند و نه از مقوله عرض بلكه فوق مقوله‌اند چه اگر فصول آنها عرض باشد لازم آيد تقوم جوهر به عرض، علاوه اين كه لازم آيد وجود يك حقيقت هم جوهر باشد و هم عرض؛ و اگر جوهر باشد جوهر خود جنس است و در تحصّل خارجى خود نياز به فصل دارد و باز نقل كلام در اين فصل مى‌شود و هكذا. اين مطلب شريف را نخست جناب شيخ رئيس در فصل ششم از مقاله نخستين قاطيقورياس شفا عنوان فرموده است و صاحب اسفار از اين تحقيق و تنقيب شيخ انتقال يافته است كه فصول حقيقى اشياء وجودات خاصّه آنهايند. چنان كه در تعليقه‌اى بر شفا گويد:
كلمة عرشية- إن الذي هدانا اللّه بنوره و أفاض على قلبنا بفضله هو أن الصور النوعية ليست بجواهر و لا بأعراض بل هى وجودات خاصة و الوجود ليس بجوهر في ذاته و لا عرض ....
و در چند جاى اسفار متعرض بدين كلمه عرشيه شده است به خصوص در فصل سوم منهج سوم مرحله نخست آن، و در فصل هشتم مرحله چهارم آن .
غرض اين كه علم به فصول اشياء كه در واقع معرفت به حقائق وجودى آنها است جز به طريق معرفت شهودى ميسّر نيست زيرا كه فصول منطقى حكايات فصول حقيقى و علامات و أمارات آنهايند، لاجرم معرفت شهودى به حقائق اشياء ارفع از معرفت نظرى بدانها است، معنى اين سخن نه اين است كه معرفت نظرى باطل است و علم منطق ناصواب. فافهم، و اللّه سبحانه ملهم الصواب.
و بايد دانست كه علوم حقيقى هم از طريق نظر و استدلال حاصل آيد و هم از طريق تصفيه و استكمال. دست فكر نظرى در معرفت برخى چيزها مانند وجود و بسائط مطلقا كوتاه است و لكن از طريق معرفت شهودى علم بدانها صورت‌پذير است، لذا در عبارت عارفان آمده است كه تحصيل علم بدين گونه چيزها از فكر نظرى ميسور نيست، ديگران از ظاهر عبارت آنان پنداشته‌اند كه عارفان مطلقا حكمت نظرى را مردود مى‌دانند و برهان منطق را منتج علم يقينى نمى‌شناسند، و اين پندارى ناصواب درباره آنانست، و اگر متصوفى به اطلاق فكرت نظرى را مذمت كند و نادرست داند به تعبير صاحب اسفار بايد او را از جهله صوفيه دانست.
در اين كلمه عليا به تفصيل در رساله قرآن و عرفان و برهان از هم جدائى ندارند سخن گفته‌ايم.
و چون فصل حقيقى هر چيز نحو وجود خاصّ آنست و شيئيت شى‌ء بصورت آن است پس دانسته شود كه هر چه صورت آكد و اشدّ باشد بدن وى اضعف و اخسّ باشد چنان كه بحسب انفعال نيز اشدّ خواهد بود. صاحب اسفار در آخر فصل هشتم مرحله چهارم آن در تحرير اين مطلب فرموده است:
ذكر اجمالى:
كلّما كانت الصورة اشد فعلية و شرفا و نورية كانت المادة القابلة لها أشدّ انفعالا و خسة و ظلمة.
سپس آن را به عنوان ذكر تفصيلى در چند سطر بسط داده است. نگارنده در تعليقه‌اى بر آن گفته است:
إنّك بالتدبر في الحجر تجد جسميته أخسّ من جسمية المعدني كالعقيق مثلا، و جسمية العقيق أخسّ من جسمية النامي كالشجر مثلا، و جسمية هذا أخسّ من جسمية الحيوان، و جسمية هذا أخسّ من جسمية الانسان. و هذا الاصل الرصين يهديك إلى كون معاد الانسان روحانيا و جسمانيا معا فانّ البدن إما عنصري أو برزخي أو عقلي بمراتب كل واحد منها على حسب مراتب النفس نقصا و كمالا- أعنى أن النفس الضعيفة كان جسمها قويا في جسميته و بالعكس. و الصورة الانسانية لا تخلو عن بدن قط، و تلك الأبدان طولية و التفاوت بينها بالكمال و النقص. و يعبّر عن البدن غير العنصرى الطبيعى بالبدن الدهري و الجسم الدهرى أيضا. ثم اذا صارت النفس اشد فعلية و كانت المادة التابعة لها أشد انفعالا يرزق الانسان بطيّ الأرض و ما شابهه من خوارق العادات.