در قسمت پایانی رساله سیر و سلوک منسوب به سید بحرالعلوم مطالبی آمده که از مذاق فقهای متشرّع به دور است. این عبارات سبب شده که برخی استناد کل رساله را به مرحوم سید انکار کنند غافل از آنکه این عبارات از ناسخ رساله است نه از مؤلف آن. از توضیحی که میرزا معصومعلی صاحب طرائق الحقائق در دو موضع از طرائق بیان نموده می‌توان حدس زد که این ناسخ جناب رحمتعلیشاه نعمةاللهی جد میرزا معصومعلی می‌باشد.
رساله سیر و سلوک منسوب به علامه سید مهدی بحرالعلوم رضوان الله علیه از بهترین کتابهای تألیف شده در وادی عرفان عملی است که در عین اختصار مشتمل بر مباحثی بسیار نافع و راهگشا است.
مرحوم علامه طهرانی قدس سره در این باره می‌فرمایند:
اين حقير روزى در خدمت استاد علّامه طباطبائى مُدَّ ظِلُّه عرض كردم: حقير با وجودى كه كتب اخلاق و سير و سلوك و عرفان را بسيار مطالعه نموده‌ام هيچ كتابى مانند اين رساله جامع و شامل و متين و اصولى و مفيد و روان و در عين حال مختصر و موجَز بطورى كه مى‌توان در جيب گذارد و در سفر و حضر از آن بهره‌مند شد نيافتم. ايشان از اين سخن تعجب كردند و فرمودند: اين نظير عبارتى است كه من از مرحوم قاضى رضوان الله عليه شنيدم. چه، ايشان فرمودند: «كتابى بدين پاكيزگى و پر مطلبى در عرفان نوشته نشده است
در قسمت پایانی این رساله مطالبی آمده که از مذاق فقهای متشرّع به دور است. این عبارات سبب شده که برخی استناد کل رساله را به مرحوم سید انکار کنند غافل از آنکه این عبارات از ناسخ رساله است نه از مؤلف آن. عبارت چنین است:
ناسخ گويد: من نوبتى اربعيّنات را به طريق مذكور به قدر امكان بسر رسانيدم، و نوبتى در آن شروع كردم، و اورادِ اربعينيّه را كلمات ادريس عليه السّلام قرار دادم به ترتيب و شرائط و آداب و مقدار اوقات، چنانچه در رساله سيّد ابن طاووس (ره) كه در اين خصوص نوشته مذكور است.
و در مبادى اربعينيّات اوّل به ذكر وَ إِلَهُكُمْ إِلَهٌ وَاحِدٌ لَا إِلَهُ إِلَّا هُوَ الرَّحْمَنُ الرَّحِيمُ ۱۰۸۰ نوبت در يك مجلس اشتغال نمودم و چند دفعه آن را به جا آوردم.
و در مدّت سه اربعين ۴۰۰۰۰ مرتبه سوره مباركه «و العاديات» را خواندم. و در اين سه اربعين عقب هر فريضه ده نوبت سوره «فاتحه» را خواندم. و فائده كليّه اين سه ذكر دفع عوائق دنيويّه است.
و گاه گاه به روحانيّت عطارد متوسّل و از آن استمداد همّت مى كردم.
چه اهل اسرار را از روحانيّت آن مدد مى‌رسد. چنانچه بعد از غروب آفتاب يا پيش از طلوع در هنگامى كه توان عطارد را ديد به آن نظر كند و پس از سلام به آن گامى پس نهد و بگويد:
عَطارُدُ أيْمُ اللهِ طالَ تَرَقُّبى
صَباحاً مَساءً كَى أراكَ فأغنَما
پس گامى ديگر پس نهد و بگويد
وَ ها أنا فامنحْنى قوىً أدْرِكُ المُنى
بها و العُلومُ الغامِضاتِ تَكَرُّما
پس گامى پس نهد و بگويد:
وَ ها أنا جُدْ لِىَ الخَيْرَ و السَّعْدَ كُلَّهُ
بأمْرِ مَليكٍ خالِقِ الأرضِ وَ السَّما
تكرار اين عمل در مبادى مطلوب است.
و امكنه شريفه و مساجد كريمه و مشاهد عاليه را در استعداد فيوضات مدخليّتى تمام است و اكثراً اهل حال را در يكى از اماكن مكرّمه باب فيض گشوده شده.
و سيّد بزرگوار گويد: مرا در «سُرَّ مَنْ رأى» از فيض آن محلّ حالتى حاصل شد كه وراى مرتبه شرح است و اكثر مقرّ او در ايوانى بود كه محاذى در سرداب مقدّس بود. و سيّد خود بعد از آن در آنجا معبدى عظيم بنا نهاد و الحال به مسجد ابن طاووس مشهور است و حال از بناى آن بزرگوار اثرى نيست.» (شرح رساله سیروسلوک منسوب به بحرالعلوم، ص۲۱۸ _۲۲۲)
مرحوم علامه طهرانی در چند موضع از شرح خود بر این رساله به این نکته تاکید ورزیده‌اند که این مطالب از مرحوم سید بحرالعلوم نیست و نباید به بهانه آن انتسابش را به مرحوم سید انکار کرد؛از جمله می‌فرمایند:
مرحوم امين گويد: «و ظاهراً اين رساله فارسيّه همان رساله سير و سلوك است كه مشتمل بر امورى است كه مناسب با مذاق تصوّف است و با مذاق شرع موافقت ندارد و بدين لحاظ در تتمّه «أمل الآمل» بطور جزم صحّت انتساب آنرا به بحرالعلوم رد نموده است».
و پس از آن گويد: «و از جمله مطالبى كه در آن رساله آمده است يكى لزوم استحضار صورت مرشد در موقع گفتن «ايّاك نعبد و ايّاك نستعين»؛ و ديگر استعانت به روحانيت ستاره عطارد و استشهادى كه به يك رباعى كه در اين باره سروده شده نموده است». تا اينجا تمام شد گفتار مرحوم صاحب «أعيان الشيعة».
ليكن ايشان در اين مسأله دچار اشتباه شده‌اند، زيرا أوّلًا در هيچ جاى اين رساله استحضار صورت مرشد در وقت قرائت «ايّاك نعبد و ايّاك نستعين» نيامده است.
و ثانياً استعانت به روحانيت عطارد- چنانكه بعداً خواهد آمد- از رساله بحرالعلوم نيست بلكه گفتار ناسخ است كه بعد از تماميّت كتابت رساله در ضمن شرح احوال خود بيان مى‌كند و أبداً ربطى به رساله ندارد» (همان، ص۱۶)
و نیز می‌فرمایند:
(در بيان اينكه از اين موضع تا انتهاى رساله از ناسخ مجهولى است كه به سخنان او اعتنائى نيست) ناسخ خود را معرفى ننموده است و در بعضى از نسخ در حاشيه آن نوشته بود: هُو والد السيّد المصطفى الخوانسارى به هر حال اين مطالبى را كه ناسخ مى‌گويد جزء رساله نيست، و أبداً به آن ربطى ندارد، و چون فائده نيز ندارد بهتر آن بود كه حذف گردد. (همان، ص۲۱۸)
از توضیحی که میرزا معصومعلی صاحب طرائق الحقائق در دو موضع از طرائق بیان نموده می‌توان حدس زد که این ناسخ جناب رحمتعلیشاه نعمةاللهی جد میرزا معصومعلی می‌باشد.
در اینجا عبارت صاحب طرائق عرض میشود به امید آنکه موجب استفاده اهل تحقیق قرار گیرد و روزی با تحقیقات ناسخ اصلی شناخته شود. وی در شرح حال جد خود مرحوم میرزا زین العابدین رحمت علیشاه گوید:
آن جناب را رساله موجزى است در جواب از سؤال وحدت وجود و آن را در مشهد رضوى فى شهر رجب سنه تسع و اربعين و مأتين بعد الالف مرقوم داشته و كتاب ادعيه‌ايست كه بعضى را از مشايخ خود اخذ فرموده و بعضى را از ثقات ديگر براى رفع امراض و قضاء حوايج و ختوم و غير ذلك مجرب است و بعضى حواشى بر كتب عربيه و فقهيه نوشته‌اند كه متفرق است و رساله از سيد بحر العلوم اعلى اللّه مقامه در عرفان بخط ايشان ديدم كه جزوى هم شرح اربعينات خود را ضميمه فرموده بود براى مرحوم حاجى عبد العظيم هراتى كه اظهار ارادت خدمت آن حضرت مى‌نموده. (طرائق الحقائق، ج۳، ص: ۳۹۴)
و نیز در شرح حال حاج عبدالعظیم هراتی گوید:
الحاج عبد العظيم الهروى با برادرش حاج عبد الكريم ساكن طهران و از تجار معروف بودند در سال هزار و دويست و نود و چهار راقم را ملاقاتش در طهران حاصل گرديد از هشتاد سنين عمرش متجاوز مى‌نمود چشم سرش به‌واسطه نزول نابينا شده بود و ديده دلش به نور ولايت روشن. از ارادتمندى خود خدمت رحمت مآب نقل‌ها داشت و كتابى كه نسبتش بمرحوم سيد بحر العلوم در شرح كتاب سير و سلوك سيد ابن طاوس عليه‌الرحمه بخط جناب والد براى حاج مذكور مشاهده شد و بعضى از وقايع اربعينات خود را اضافه فرموده بودند.» (طرائق الحقائق، ج۳، ص: ۴۳۰).