پس از چندی آیت‌الله خویی مرحوم آیت‌الله قاضی را در حرم اباعبدالله علیه‌السّلام می‌بینند و مفصّلاً با ایشان سخن می‌گویند و آن قدر شیفتۀ ایشان می‌شوند که همانجا دستور می‌خواهند و مرحوم آقای قاضی می‌فرمایند. مفتاح الفلاحِ شیخ بهائی دستور شما.
مرحوم علامه طهرانی می‌فرمایند:
آیت‌الله حاج شیخ محمدتقی بهجت فومنی در نزد آیت‌الله خوئی کفایة الاصول ـ سطحاً أو خارجاً ـ می خوانده‌است. در بحث امتناع اجتماع لحاظ آلی و استقلالی آیت‌الله بهجت اشکال می‌کند که این امتناع برای نفوس ضعیفه است و گرنه برای نفوس قویّه امکان اجتماع لحاظات استقلالیّه فراوان و متعدد وجود دارد. آیت‌الله خویی به ایشان می‌گوید: من پس از درس با شما کار دارم. پس از درس به ایشان می‌گوید این اشکال از تو نبود بگو ببینم از کجا گرفته‌ای؟ ایشان پاسخ می‌دهد آقائی به نام آیت‌الله سیّد علی آقای قاضی که آدمی اخلاقی است این مطلب را من از ایشان استفاده کرده‌ام. آیت‌الله خویی می‌گویند: بله. ما هم نام ایشان را شنیده‌ایم و شنیده‌ایم مطالبی دارد و ادّعاهایی و نمی‌دانیم که آنها حق و صحیح است یا نه؟ آیت‌الله بهجت برخوردش را با آیت‌الله خویی نقل می‌کند و مرحوم آیت‌الله قاضی می‌فرماید: به ایشان سلام برسانید و بگویید، فلانی گفت: بیائید و ببینید مطالب ما حق هست یا نه، شما که مجتهدید و خوفی بر شما نیست. این پیام منتقل می‌شود. پس از چندی آیت‌الله خویی مرحوم آیت‌الله قاضی را در حرم اباعبدالله علیه‌السّلام می‌بینند و مفصّلاً با ایشان سخن می‌گویند و آن قدر شیفتۀ ایشان می‌شوند که همانجا دستور می‌خواهند و مرحوم آقای قاضی می‌فرمایند. مفتاح الفلاحِ شیخ بهائی دستور شما.
بر اثر عمل به دستورات و ادعیه مفتاح الفلاح دروس آیت‌الله خویی کم می‌شود. یک معمّمِ شیطانی به پدر آیت‌الله خوئی مرحوم آقا سیّد علی‌اکبر در مشهد گزارش می‌کند که چه نشستی! پسرت مرجعیت و درس و بحث را وانهاده و صوفی شده است. پدر هم نامه‌ای می‌نویسد و ایشان را از همۀ اعمال مستحبّه نهی می‌کند (ظاهراً جز حرم و تسبیحات حضرت زهرا سلام‌الله‌علیها) این نهی پدر به ضمیمۀ مطلبی دیگر و آن اینکه ایشان مشغول ذکری در حرم بوده‌اند که یکباره ذکر را فراموش می‌کند و به یادشان هم نمی‌آید. آری! این دو مطلب کم‌کم ایشان را سرد می‌کند و دیگر به خدمت آیت‌الله قاضی نمی‌روند. البته آیت‌الله خویی ضرر کرد. در همان وقت‌ها آیت‌الله خوئی مکاشفه‌ای می‌بیند که در آن تا پایان عمر خود را مشاهده می‌کند حتی مرجعیّت و حتی فوتشان و اعلام فوتشان از بلندگوهای حرم مطهر را. همان معمّمِ شیطانی که از علمای درجه دو ـ درجه سه نجف بود نه از علمای درجه یک، در نجف جلوی مرا گرفت و گفت: سیّد محمّد حسین! این مرجعیّت آیت‌الله خویی را می‌بینی. همه‌اش را وام‌دار من است که به پدرش نامه نوشتم. حال ترا هم نصیحت می‌کنم که اگر به فقه و اصول بپردازی و دست از این کارهایت برداری آیندۀ درخشانی داری. من به او گفتم خوب گوش کن. اولاً من پدری در حال حیات ندارم که بخواهد به من امر و نهی کند. ثانیاً من الان در حوزه سه درس می‌گیرم و هیچکس سه درس نمی‌گیرد و همه را بحث می‌کنم و تقریر می‌نویسم و هیچکس چنین نمی‌کند. من اوقات اضافه‌ام را به کارهای معنوی‌ام می پردازم و ثالثاً شما در حکم پدر من هستید و فقط هم فقه و اصول کار کرده‌اید و هر باب و بحث فقهی را می‌خواهید تعیین کنید. شما و من هر دو مطالعه کنیم بعد هم پیش هر کس شما تعیین می‌کنید ارائه کنیم تا ببینیم شما بیشتر می‌فهمید یا من؟ فَبُهِتَ الّذی کَفَر. ساکت شد و هیچ نگفت. من جواب این معمّم را دادم چون شیطنت می‌کرد ولی جواب استادمان آیت‌الله خویی را ندادم. ایشان روزی به من گفتند، سیّد محمّد حسین! در نجف فقط به فقه و اصول بپرداز. مطالب دیگر جاهای دیگر هم پیدا می‌شود. ایشان چون هم استاد بودند و هم صفای نفس داشتند پاسخشان را ندادم.[۱]
حضرت آیت الله حاج شیخ جواد کربلایی این ماجرا را با جزئیاتی دیگر نقل کرده‌اند:
« سالها قبل از حضرت آیت الله حاج ابوالقاسم خوئی و نیز پیش از ایشان از آیت الله بهجت مدّظله شنیده بودم. که آقای خوئی در مبحث "استعمال لفظ در بیش از یک معنی" فرموده بودند که این گونه استعمال لفظ مستلزم دو لحاظ آلی و استقلالی در یک استعمال است، و لذا محال می باشد. ولی آیت الله بهجت در همان سنین جوانی به آیت الله خوئی عرض کرده بودند: ممکن است نفس انسان به مرتبه‌ای از قوه برسد که بتواند بین این دو لحاظ جمع کند. در واقع ایشان این مطلب را بهانه کرده بودند برای انتباه آیت الله خوئی به لزوم تحصیل معارف الهیه و اتّصاف به صفات اولیاء الله. آیت الله خوئی نیز علت عنوان این مطلب را از ایشان جویا شده بودند. بعد از توضیح آیت الله بهجت، ایشان پرسیده بودند به کی و کجا مراجعه کنم؟ و آیت الله بهجت، حضرت آیةالحق سید علی آقای قاضی (ره) را معرفی کرده بودند. سپس با وساطت آیت الله بهجت، جلسه ملاقاتی بین آیت الله قاضی و خوئی در صحن حضرت ابوالفضل علیه السلام ترتیب می‌یابد و یک ساعت و نیم به طول می‌انجامد. آیت الله خوئی بعدها به بنده (کربلایی) فرمودند: ما تسلیم شدیم و تحت تأثیر قرار گرفتیم و سخنان ایشان را پذیرفتم. ایشان برنامه و شرائط ویژه ای ارائه فرمودند؛ که می بایست با لباس مخصوص، ذکر مخصوص و به تعداد مشخص تکرار انجام شود، همه شرائط را آماده نمودم و تصمیم گرفتم که ساعت دو بعد از ظهر در جای مناسب و خلوتی در حرم حضرت علی علیه‌السّلام شروع کنم، ولی متأسفانه هنگامی که تمام شرایط را فراهم کردم و خواستم ذکر را بگویم هر چه فکر کردم آن ذکر به یادم نیامد، مأیوس شدم و به خود گفتم: ابوالقاسم! تو را برای این کار نخواسته‌اند. آن ذکر این بود: «لا إِلهَ إِلاَّ هُوَ وَ عَلَى اللَهِ فَلْيَتَوَکَّلِ الْمُؤْمِنُون؛ معبودی جز او (خدا) نیست، پس مؤمنان تنها باید بر خدا توکل کنند. التغابن ۶۴: ۱۳»
این ماجرا را آیت‌الله سید موسی شبیری زنجانی نیز اینگونه نقل نموده‌اند:
زمانی که مرحوم آقای خوئی با آقای قاضی ارتباط داشته و مشغول سلوک بوده و دستور کارهایی انجام می‌داده، ازآقای خوئی نقل شده است که من آن وقت تسبیح موجودات را حس کردم، حتی گربه‌ای ازیک طرف دیوار به آن طرف دیوار پرید، پرش گربه هم تسبیح می‌کرد. پرش که خودش یک چیزی است، خود آن پرش هم تسبیح می‌کرد! و می‌گفته که تمام دوره عمر ما را هم سیر داده بودند، حتی بعد از وفاتش را هم دیده بود.
خلاصه در این عوالم بود. سید علی خلخالی می‌گفت که من آقای خوئی را از این مسیر برگرداندم. گفت: چون دیدم برای فقاهت خیلی مستعد است، به پدرش نامه نوشتم و گفتم: شما به گونه‌ای که نداند از جایی تحریک شده است، ادامه این جور کارها را تحریم کنید. می‌گفت که پدرش هم نامه نوشت: غیر ازفقه و اصول وارد شدن در اشتغال‌های دیگر را بر شما حرام می‌کنم. ایشان هم شبهه شرعی کرد و دیگر سلوک را تعقیب نکرد. این را از آسید علی آقا خلخالی شنیدم.
جریان سیر دادن تمام عمر راخیلی‌ها نقل کردند. یکی ـ دو نفر نبودند که من ضبطش کنم. الآن اگر ازاین آقایان نجفی‌ها که آقای خوئی را درک کردند یا شاگردش بودند، بپرسید، این را می‌دانند و ممکن است مستقیم شنیده باشند. [۲]
این ماجرا توسط آیت‌الله فاطمی‌نیا نیز از آیت‌الله خویی نقل شده‌است
همچنین دربارۀ رحلت آیت‌الله قاضی از آیت الله خوئی مطلبی نقل شده که نشان دهندۀ اردات ایشان به آن عارف سترگ بوده است:
مرحوم علامه آقا سید عبدالعزیز طباطبائی یزدی نقل نمود که از استادم مرحوم آیت الله العظمی خویی شنیدم که فرمود: در ایّام وفات استاد اخلاق آقا میرزا علی آقا قاضی تبریزی تناثر نجوم رخ داد و این به جهت رفعت مقام آن مرحوم بود. مرحوم طباطبائی یزدی نقل کرد که ما گفتیم: این اصلاً مُحال است که ستاره‌ها به خاطر وفات کسی ریزش کنند و سقوط نمایند ولی استادمان آقای خویی تاکید نمود، شما انکار کنید من که خودم این واقعه شگفت‌انگیز را با چشمان خود دیدم و نمی‌توانم چیزی را که در پیش من یقینی است، انکار نمایم. [۳]